Visium HD WT Panel空间基因表达分析解决方案

为什么选择Visium HD WT Panel 基因表达分析？

- 覆盖蛋白编码基因

- 在研究人类和小鼠的差异基因表达时推荐使用

- 灵活的组织兼容性

- 测序效率极高的Visium HD分析

- 通过11 x 11 mm的宽视野捕获，单张玻片即可支持大型组织全景分析

优势亮点：

规格：每张玻片2个捕获区域

捕获区域面积：6.5X6.5mm和11X11mm

捕获区域内分布的捕获单元：约11,000,000个小方格(6.5×6.5mm)100%覆盖，每个小方格大小为2×2μm
样本质检要求：FFPE样本RNA的DV200大于30%,FF样本RIN值大于4。
适用的切片厚度：3-10μm
仪器的运行时间：30min,可基于样本特性调整时间
组织染色方法：HE染色和免疫荧光染色
测序量要求：组织100%覆盖的测序量每个区域不少于275M reads

兼容物种：人(约18,000个基因)和小鼠(约19,000个基因)

兼容样本类型：FFPE样本、冰冻样本或存档玻片

细胞核分割方法在Visium HD空间转录组实验数据中的应用

上图为小鼠脑组织石蜡样本使用VisiumHD试剂做的空间转录组结果。测序饱和度为70.1%时，共检测到393,543个8umbin的小方格覆盖到组织。每个小方格中检测到的Reads数的平均值为849.2,每个小方格中检测到的基因中位数为201.6。

下图为基于该空间转录组数据做细胞核分割后，基于空间单细胞核基因表达矩阵做的聚类分析图。
数据链接：
https://www.10xgenomics.com/datasets/visium-hd-cytassist-gene-expressionlibrary-of-mouse-brain

分析规格